Нова модифікація, Legacy 650, випускається паралельно з Legacy 600, але саме на більш свіжий літак слід звернути увагу у зв'язку зі збільшеною дальністю польоту, поліпшеною звукоізоляцією салону та новими варіантами матеріалів обробки інтер'єру.
Legacy 650 отримав сертифікат HALTO (High Altitude Landing and Takeoff Operation), що дає право здійснювати зліт та посадку у складних умовах високогір'я. Обличчям бренду і володарем Legacy 650 в 2012 році став відомий китайський актор Джекі Чан.
На борту літака Embraer Legacy 650 може розміститися до 14 пасажирів (при повному завантаженні), проте, в більшості випадків, ці повітряні судна комплектуються 8-10 пасажирськими місцями. Велика кількість вільного простору дозволяє здійснювати зручні авіаперельоти навіть на протяжних маршрутах, що і є одним з факторів того, чому поточна модель користується великим попитом.
Просторий пасажирський салон лайнера розділений на три зони, що включають окремий ізольований кабінет. На борту є сучасно обладнаний кухонний блок, а в якості додаткової опції є можливість установки другого туалету.
Серед переваг Legacy 650 і багажний відсік об'ємом 8,1 м3, який доступний під час польоту і підходить для перевезення великогабаритних вантажів.